Pengesahan UU No. 16 Tahun 2016 merupakan bentuk keseriusan Pemerintah dalam mengurangi emisi gas rumah kaca (GRK). Pemerintah juga mengeluarkan Rencana Aksi Nasional-Gas Rumah Kaca (RAN-GRK) yang di dalamnya meliputi sektor pertanian, yang menduduki peringkat kedua penyumbang emisi GRK di Indonesia. Mitigasi dilakukan untuk memperlambat terjadinya perubahan iklim dengan upaya penurunan emisi GRK. Namun, mitigasi yang sudah dilakukan lebih tinggi dibandingkan target pengeluaran emisi GRK, yaitu 16,61 gigagram CO2e sehingga perlu prioritas agar berfokus terhadap kelompok pertanian dengan potensi pengurangan emisi terbesar. Penelitian ini mengukur nilai eko-(in)efisiensi pada sektor pertanian untuk menunjukkan niai masing-masing kelompok yang menunjukkan pengaruhnya terhadap lingkungan dengan menggunakan metode directional distance function-data envelopment analysis (DDF-DEA). Kelompok dengan nilai eko-(in)efisiensi tertinggi menjadi prioritas dilakukannya mitigasi. Decision Making Unit (DMU) yang digunakan berdasarkan Klasifikasi Baku Lapangan Usaha Indonesia (KBLI) dengan menggunakan variabel input nilai kapital dan jumlah tenaga kerja serta produk domestik bruto (PDB) sebagai desirable output dan emisi GRK sebagai undesirable output. Nilai eko-(in)efisiensi tertinggi yaitu KBLI kode 0126 yang merupakan perkebunan buah-buahan penghasil minyak (oleaginous), yang difokuskan terhadap perkebunan kelapa sawit karena menyumbangkan emisi GRK lebih besar dibandingkan perkebunan buah kelapa. Usulan mitigasi yang diberikan adalah kombinasi penggunaan pupuk kimia dengan tandan kosong yang berpotensi mengurangi emisi GRK sebesar 33,98% serta penggabungan rute pengangkutan muatan sisa buah kelapa sawit menggunakan metode saving matrix yang berpotensi mengurangi emisi GRK sebesar 18%.