Latar Belakang: Transmisi patogen dan non patogen dari hewan ke manusia dapat mempengaruhi komposisi gut microbiome pada manusia. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis dan membandingkan gut microbiome orang yang tinggal dekat dan jauh dengan ternak, menganalisis filogenetik ternak dan orang yang tinggal dekat dengan ternak karena adanya interaksi antara gut microbiome serta menganalisis potensi transmisi parasit pada orang yang tinggal dekat dengan ternak.
Metode: Penelitian ini merupakan penelitian cross-sectional. Penelitian terdiri dari 39 responden yang tinggal dekat dengan ternak (HCA), 39 ternak (ANL) dan 39 responden yang tinggal jauh dengan ternak (HNC). Lokasi penelitian di Kecamatan Mlati, Sleman, Yogyakarta. Responden yang telah menandatangani informed consent selanjutnya diwawancara dan diambil sampel fesesnya. Sampel feses yang terkumpul kemudian dilakukan pemeriksaan identifikasi parasit secara langsung. Seluruh responden dari kelompok HCA, ANL dan HNC diambil masing-masing diambil 10 secara random dan dilanjutkan dengan Next Generation Sequencing (NGS) menggunakan Illumina sekuensing throughput tinggi 16S rRNA region V3-V4 dan analisis bioinformatika.
Hasil: Komposisi gut microbiome pada tingkat filum yang tertinggi untuk  kelompok HCA adalah Bacteroidetes (57%), sedangkan kelompok HNC adalah Firmicutes (70%). Firmicutes dan Bacteroidetes berperan dalam mengontrol dan mengatur proses fisiologis. Analisis filogenetik menunjukkan adanya interaksi gut microbiome antara ternak dengan HCA. Potensi infeksi parasit menunjukkan adanya Blastocystis sp dan kista Entamoeba coli pada HCA dan ANL.
Kesimpulan: Terdapat perbedaan gut microbiome antara HCA dan HNC. Interaksi gut microbiome pada kelompok HCA dan ternak dari analisis filogenetik menunjukkan bahwa adanya transmisi dari hewan ke manusia. Adanya perbedaan potensi terinfeksi parasit pada HCA dan HNC dimana pada kelompok HCA dan ternak (ANL) keduanya ditemukan Blastocystis sp dan kista Entamoeba coli.

Kata kunci:, gut microbiome, orang yang tinggal dekat dengan ternak, Yogyakarta