Penelitian ini merupakan jenis penelitian pengembangan yang memiliki tujuan yaitu untuk mengetahui: (1) kelayakan E-modul berbasis Problem Based Learning ada materi Sistem Pencernaan, (2) keefektifan E-modul berbasis Problem Based Learning pada materi Sistem Pencernaan untuk melatihkan kemampuan berpikir kritis siswa.

Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu Research and Development (R&D) dengan mengacu prosedur pengembangan Sugiyono (2013) yang terdiri dari 6 tahapan. Uji coba dilakukan secara terbatas di SMPN 6 Ngawi tahun pelajaran 2020/2021 di kelas VIII sebanyak 32 siswa. Teknik pengumpulan data dilakukan menggunakan teknik angket, validasi ahli, penilaian instrumen tes berpikir kritis. Uji kelayakan E-modul berbasis Problem Based Learning diperoleh berdasarkan hasil penilaian validasi ahli dan angket respon siswa. Validasi produk dilakukan oleh dosen ahli materi, dosen ahli instrumen perangkat, dosen ahli media, dosen ahli bahasa, dan reviewer. Angket respon siswa berdasarkan skala likert pada setiap komponen dan kemudian diinterpretasikan berdasarkan tabel interpretasi skor respon siswa. Uji keefektifan E-modul berbasis Problem Based Learning menggunakan penelitian analisis tiap aspek kemampuan berpikir kritis. Pengujian uji kelayakan dianalisis menggunakan deskriptif kuantitatif, sedangkan uji keefektifan dianalisis menggunakan n-gain score.

Hasil data penelitian menunjukkan: 1) kelayakan E-modul berbasis Problem Based Learning dinyatakan layak untuk digunakan siswa SMP ditinjau berdasarkan hasil validasi sebesar 96,48% dengan katagori sangat valid dan didukung hasil respon siswa sebesar 87,19%.. 2) keefektifan E-modul berbasis Problem Based Learning dinyatakan efektif ditinjau dari hasil rata-rata siswa pada kegiatan science activity diperoleh sebesar 90,7% yang termasuk kedalam kategori sangat baik dan hasil analisis post-test yang diperoleh 91% siswa tuntas. Selain itu berdasarkan hasil analisis pre-test dan post-test diketahui bahwa jumlah siswa yang memperoleh nilai gain tinggi yaitu 20 siswa sedangkan siswa yang memperoleh gain sedang yaitu 12 siswa. Berdasarkan lima aspek kemampuan berpikir kritis dapat disimpulkan bahwa E-modul yang dikembangkan dinyatakan layak dan efektif untuk melatihkan kemampuan berpikir kritis siswa.