Penelitian ini mendeskripsikan dan menganalisis, bagaiamana pertanggungjawaban komando bisa menjadi suatu hal yang penting dalam perkembangan hak asasi manusia dan penerapan konsep pertanggungjawaban komando dalam pelanggaran hak asasi yang berat yang terjadi pasca jajak pendapat di Timor-Timur.
Penelitian ini merupakan penelitian hukum normatif yang bersifat deskriptif. Sumber bahan hukum yang digunakan adalah bahan hukum primer yaitu Peraturan Perundang-undangan Indonesia dan perjanjian internasional, serta bahan hukum sekunder yang meliputi buku, pedoman, dan sumber lain yang dapat digunakan dan relevan terhadap penelitian ini. Teknik pengumpulan bahan hukum yang digunakan dalam penelitian ini adalah studi kepustakaan, termasuk penggunaan perpustakaan digital. Pengumpulan data dimulai dengan penelitian, dan informasi yang terkumpul akan dianalisis secara kualitatif.
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa Urgensi pertanggungjawaban komando dalam militer pada pelanggaran HAM berat hadir untuk memberi kepastian hukum, keadilan hukum dan kemanfaatan hukum sebagai bentuk penghormatan dan perlindungan Hak Asasi Manusia sebagai negara hukum. Praktiknya mulai digunakan sejak Pengadilan Nuremberg 1945, Tokyo Tribunal, The Hostage case, The High Command case, ICTY, Statuta Roma dan terus berkembang seiring perkembangan zaman. Sedangkan di Indonesia, konsep pertanggungjawaban komando mulai dikenal setelah dirumuskannya Undang- Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan Hak Asasi Manusia, tepatnya pada Pasal 42 yang menyebutkan bahwa komandan militer dapat dipertanggungjawabkan atas tindak pidana yang dilakukan oleh pasukan yang berada di bawah komandonya dan di bawah pengendaliannya yang efektif.
Penerapan pertanggungjawaban komando dalam militer pada pelanggaran HAM berat di Indonesia diadili dan diputuskan berdasarkan adanya hubungan antara atasan dan bawahan, antara pelaku dan terdakwa yang telah memenuhi unsur keterlibatan, hubungan, dan pengetahuan dari komandan yang memiliki kewenangan terhadap kejahatan dilakukan bawahannya. Sehingga semua terdakwa pada kasus yang menjerat; Drs. Herman Sedyono, Kolonel Czi Liliek Koeshadianto, AKBP Drs. Gatot Subiyaktoro, Mayor Infateri Achmad Syamsuddin, Mayor Infanteri Sugito di Gereja Santa Cruz di Dili Timor-Timur bisa dibebaskan dari semua dakwaannya karena tidak terpenuhinya semua unsur-unsur pertanggungjawaban komando yang diatur dalam Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan Hak Asasi Manusia.

Kata kunci: Pertanggungjawaban komando, Hak Asasi Manusia, Pelanggaran HAM berat