Senyawa metabolit sekunder bioaktif dari Aplysia diduga merupakan hasil sintesis bakteri asosiasinya. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan isolat dengan aktivitas antibakteri dan antifungi dari bakteri yang berasosiasi dengan Aplysia oculifera. Sebanyak 3 individu Aplysia oculifera fase juvenil - dewasa seberat 50 - 100 gram dikoleksi dari pantai Krakal, Yogyakarta. Bagian epidermis dan saluran pencernaan sampel diambil untuk isolasi bakteri dengan metode spread plate. Isolat bakteri dimurnikan menggunakan teknik streak plate setelah melalui pengamatan karakter morfologi. Skrining aktivitas antibakteri dilakukan dengan metode difusi cakram terhadap Eschericia coli dan Staphylococcus aureus. Skrining aktivitas antifungi dilakukan dengan uji antagonisme terhadap Apergillus niger. Aktivitas antibakteri dan antifungi isolat bakteri diketahui melalui keberadaan zona hambat. Diameter zona hambat dan radius penghambatan pertumbuhan diukur untuk analisis daya dan presentase hambat aktivitas isolat. Isolat yang memiliki aktivitas antibakteri dan/atau antifungi diidentifikasi secara molekuler berdasarkan gen 16S rRNA. Sampel Aplysia oculifera menghasilkan 18 isolat bakteri. Diantara 18 isolat tersebut, ditemukan 1 isolat yang memiliki aktivitas baik antibakteri maupun antifungi, yaitu isolat bakteri AO3. Daya hambat aktivitas antibakteri isolat ini tergolong sedang dan cenderung lebih aktif terhadap bakteri patogen gram positif. Aktivitas antifungi isolat AO3 terhadap fungi patogen mempunyai presentase penghambatan sebesar 38,3%. Hasil identifikasi spesies berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan bahwa isolat AO3 diduga adalah bakteri Pseudomonas aeruginosa.