Produktivitas dan kualitas telur merupakan sifat penting yang dipengaruhi oleh sistem kinerja reproduksi puyuh yang dikontrol oleh banyak gen, diantaranya adalah gen Bone Morphogenetic Protein Receptor 1B (BMPR-1B) dan Prolaktin (PRL). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui asosiasi gen BMPR-1B dan PRL terhadap produktivitas dan kualitas telur puyuh Jepang. Pemeliharaan sebanyak 73 ekor puyuh betina dilakukan dengan menggunakan kandang individu dengan pemberian pakan berupa pakan komersil. Selanjutnya, dilakukan koleksi data berupa sampel darah dan data fenotipenya. Data fenotipe untuk masing-masing individu puyuh meliputi, produksi telur, bobot badan minggu ke-1 higga minggu ke-6, berat telur, indeks telur, berat kerabang, tebal kerabang, indeks albumen, indeks yolk, skor warna yolk, berat yolk, berat albumen, rasio yolk, rasio albumen dan nilai Haugh Unit (HU). Polimorfisme BMPR1B pada ekson 9 dan intron 10 dijalankan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP), sedangkan indel 24 bp PRL diidentifikasi dari hasil PCR pada produk size 154/130 bp. Asosiasi gen PRL dianalisis dengan rancangan tersarang, yaitu genotipe tersarang warna. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tidak terdapat variasi pada genotyping BMPR-1B. Selain itu, dua genotipe, II dan ID, ditemukan pada indel 24 bp PRL. Hasil analisis menunjukkan bahwa indel 24 bp PRL berasosiasi terhadap berat kerabang dan berat yolk serta suggestive-signifcant terhadap berat telur puyuh Jepang. Kesimpulan, mutasi indel 24-bp gen PRL kemungkinan dapat digunakan sebagai penanda marker pada kualitas telur puyuh Jepang.