Puyuh yang biasa diternakkan di Indonesia merupakan spesies coturnix coturnix japonica yang kebanyakan merupakan varietas willdtype. Warna bulu pada puyuh digunakan untuk program sexing pada peternak. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan variasi gen ASIP dan MC1R yang menyebabkan perbedaan warna bulu. Penelitian ini menggunakan 4 kelompok puyuh yaitu betina hitam, jantan hitam, betina cokelat, dan jantan cokelat dengan masing-masing kelompok berjumlah 3 ekor puyuh. Penentuan jenis kelamin secara molekuler dan amplifikasi fragmen gen ASIP dan MC1R yang dihasilkan dilakukan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) serta dilanjutkan dengan deteksi variasi gen ASIP dan MC1R dengan metode sekuensing. Dua belas sampel DNA puyuh berhasil dibedakan dengan gen CHD1 menjadi 6 jantan dan 6 betina. Variasi gen ASIP pada semua sampel merupakan wildtype, dan variasi gen MC1R terdeteksi 1 sampel memiliki genotip GA. Gen ASIP dan MC1R belum bisa digunakan sebagai marker untuk desain autosexing pada puyuh. Penelitian ini dapat dilanjutkan untuk mendapatkan penanda genetik variasi warna bulu untuk tujuan sexing.

Kata kunci: Marka warna bulu, Puyuh, Sexing