Etanol memiliki sifat ramah lingkungan dan tidak berbahaya. Permintaan etanol saat ini semakin meningkat karena penggunaannya sebagai desinfektan dan energi terbarukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi produksi etanol dan mengetahui ketahan sel saccharomyces cerevisiae pada proses fermentasi menggunakan metode aerobik-anaerobik dengan meningkatkan konsentrasi sel hingga di atas ambang batas dengan cara flokulasi. Proses diawali dengan start up hingga fermentasi kontinu, proses flokulasi dilakukan 24 jam sekali di tengah berlangsungnya fermentasi. Larutan flokulan 15 g/L diteteskan ke dalam reaktor pada saat populasi sel mencapai 108 sel/mL dengan fraksi 2% v/v di kompartemen B. Sel terbentuk menjadi flok dan mengakibatkan penurunan populasi sel dalam medium. Optimasi produksi etanol dilakukan dengan memvariasikan konsentrasi molase dalam umpan sebesar 30%, 40%, dan 50%. Sedangkan variasi kecepatan laju alir umpan antara 0,5 L/jam, 0,6 L/jam, dan 0,7 L/jam. Dari hasil optimasi didapat produktifitas  1,88 - 4,05 g/L jam, dengan ketahanan sel mencapai 276 jam.