Bioetanol merupakan energi alternatif yang dapat dimanfaatkan sebagai pengganti ataupun campuran bahan bakar gasohol (bensin). Tujuan penelitian ini untuk mengembangkan proses fermentasi produksi bioethanol secara kontinyu dengan imobilisasi sel, melalui proses flokulasi secara in situ menggunakan Integrated Aerobic Anaerobic Baffled Reactor (IAABR). Reaktor IAABR terdiri dari dua kompartemen, masing-masing kompartemen dilengkapi dengan pengaduk. Kompartemen A sebagai tempat memperbanyak sel yang dilengkapi dengan tambahan aerator. Kompartemen B berfungsi sebagai tempat terjadinya proses flokulasi. Pada penelitian ini dilakukan pengamatan pengaruh jumlah volume larutan flokulan dan konsentrasi gula umpan terhadap konsentrasi sel pada medium. Flokulan yang digunakan adalah polyacrylamide anionik. Gula yang digunakan adalah gula tebu. Isolat menggunakan S. cerevisiae FNCC 3012. Penelitian ini terdiri dari 3 tahapan yaitu penentuan medium pertumbuhan sel dipelajari dengan variasi konsentrasi gula tebu 1%, 2%, 3%, 5%, 7%, 10% dan 15% b/v. Efisiensi penjerapan sel oleh flok dilakukan dengan variasi volume 5%, 10% dan 15% v/v. Hasil ini nanti akan dijadikan acuan dalam proses fermentasi kontinyu dengan variasi konsentrasi gula umpan 5%, 10% dan 15% b/v. Tahapan percobaan dimulai dari pembuatan starter 1, starter 2, proses start up, flokulasi 1, proses kontinyu (proses awal penambahan umpan), flokulasi 2, flokulasi 3 flokulasi 4 dan proses fermentasi kontinyu lanjutan. Starter 1 dibuat dari medium steril dengan komposisi glukosa, yeast extract, pepton dan akuades. Medium starter 1 ditambahkan satu ose isolat S. cerevisiae dan diinkubasi selama ±12 jam. Starter 2 dibuat dari medium steril (glukosa, gula tebu, yeast extract, NH4Cl, MgSO4 .7H2O, CaCl .2H2O, akuades  dan asam sitrat sebagai pengatur pH 4-5) yang ditambahkan 10% starter 1. Kemudian diinokulasi dalam inkubator shaker selama 24 jam pada suhu 30 °C dan 125 rpm. Proses start up dilakukan dengan mengisi reaktor sebanyak 9 L larutan gula 2% b/v dan menambahkan starter 2 sebanyak 1 L, diinkubasi hingga jumlah sel ?1x107 sel/mL. Proses flokulasi dilakukan dengan menambahkan larutan flokulan polyacrylamide (15 g/L) sebanyak 250 mL pada kompartemen B yang disertai pengadukan selama 5-10 menit. Flokulasi dilakukan hingga jumlah sel bebas pada medium turun menjadi ? 50?ri jumlah sel awal (sebelum penambahan larutan flokulan) atau hingga konsentrasi gula medium ?1%. Proses kontinyu dilakukan dengan menambahkah umpan larutan gula, ketika jumlah sel mencapai ? 1x107 sel/mL akan dilanjutkan proses flokulasi 2, flokulasi 3, flokulasi 4 dan fermentasi kontinyu lanjutan hingga sel pada medium habis. Sampling dilakukan untuk menghitung jumlah sel dan kadar gula sisa pada medium. Hasil penelitian menunjukkan pertumbuhan maksimum sebanyak 7,4 x 107 sel/mL menggunakan medium gula 3% b/v. Sel yang terjaring flok dapat mencapai 100% setelah proses flokulasi dengan penambahan larutan flokulan 15% v/v selama 24 jam. Pada proses fermentasi kontinyu konsentrasi sel tertinggi menggunakan umpan gula 15% b/v yaitu sebanyak 1,2 x108 sel/mL, sedangkan umpan 5% dan 10% tidak memberikan perbedaan secara signifikan.  Kadar gula sisa dalam medium menunjukan bahwa daya tahan sel akan lebih lama hingga 224 jam saat konsentrasi gula umpan 5%.