Simulasi komputasi terapi proton dengan kolimator pencil beam untuk tumor kraniofaringioma telah dilakukan menggunakan perangkat lunak MCNP6. Pencil beam diradiasikan pada sel tumor yang disimulasikan berbentuk kubus berukuran 1,2 cm, berada pada kedalaman 5,4 cm dari permukaan kulit kepala. Berkas pencil beam berukuran 0,1 cm disinarkan dari arah kiri sejauh 19,6 cm dari kulit kepala. Berdasarkan arah datangnya berkas, kubus dibagi menjadi lapis depan, lapis tengah dan lapis belakang. Setiap lapis kubus dibagi menjadi 9 kubikel, sehingga, dalam kubus terdapat 27 kubikel. Dengan memberikan variasi energi dalam rentang 108-115 MeV serta intensitas energi untuk setiap penyinaran, menghasilkan keluaran simulasi berupa dosis yang diterima setiap kubikel dalam satuan MeV/gram per proton. Isodosis paling baik terjadi pada 5 variasi energi yaitu 108,2; 111,2; 113,4; 114,7 dan 115 MeV. Organ sehat yang menerima dosis proton paling besar adalah otak sebesar (0,0738 ± 0,0010) MeV/gram per proton atau 0,412% dibandingkan dengan dosis sel tumor.