Simulasi terapi proton untuk kanker nasofaring telah dilakukan menggunakan software MCNP6 sehingga diketahui dosis proton yang diterima oleh sel kanker nasofaring dan dosis partikel sekunder yang diterima organ sehat disekitar sel kanker. Simulasi dilakukan menggunakan metode penyinaran pencil beam active scanning. Energi yang digunakan untuk penyinaran dari arah depan sebanyak 7 energi dalam rentang 93 MeV – 105 MeV dan dari arah kanan dan kiri masingmasing menggunakan energi 110 MeV. Sel kanker dimodelkan berbentuk kubus dengan rusuk 1,8 cm. Dari hasil simulasi diperoleh dosis total proton yang diterima sel kanker sebesar (2,36 ± 0,29) nGy/proton dengan tingkat isodosis 87,57%. Perbandingan dosis yang diterima organ sehat dengan dosis yang diterima sel kanker untuk kerangka wajah 0,756 %, jaringan lunak 0,211 %, kulit 0,095 %, tengkorak 0,007 %, tulang belakang 0,003%, dan otak 0,001 %.