Virtual laboratory (VL) adalah salah satu alternatif media pembelajaran online yang  dapat  dimanfaatkan  untuk  mempelajari  klasifikasi  tumbuhan  berbasis sitotaksonomi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis efektivitas media virtual laboratory dalam meningkatkan pemahaman konsep mahasiswa pada materi keanekaragaman dan klasifikasi tumbuhan. Efektivitas VL dilakukan dengan dua tahap, yaitu penilaian oleh expert, dan pengguna (N=151), serta uji coba penggunaan VL pada satu kelas mahasiswa undergraduate pendidikan biologi yang mengambil MK Keanekaragaman Tumbuhan (N=65). Hasil penilaian kelayakan media dilakukan oleh ahli media dan  ahli materi memberikan kriteria ‘sangat baik” pada virtual laboratory yang dikembangkan. Mahasiswa memberikan respon 82,78%  “sangat mendukung” dan
17,22% memberikan tanggapan “mendukung”. Hasil tes pemahaman konsep dengan membandingkan rata rata skor pretest dan posttest menunjukan peningkatan pemahaman konsep mahasiswa dengan gain score 0,59. Kesimpulan dari penelitian ini bahwa media virtual laboratory layak digunakan sebagai media pembelajaran untuk meningkatkan pemahaman konsep mahasiswa pada materi keanekaragaman dan klasifikasi tumbuhan, dan perlu dilakukan uji coba skala luas untuk mengkonfirmasi ulang efektivitasnya.