Secara morfologi Sungai Pusur merupakan sungai alami yang memiliki aliran berkelok dengan kemiringan yang curam. Wilayah Subdas Pusur dibagi menjadi tiga bagian yaitu hulu, tengah dan hilir dengan panjang sungai mencapai 30 Km. Terdapat perbedaan karakter yang unik pada setiap wilayah Subdas Pusur meliputi aspek fisik, vegetasi maupun sosial. Bagian hulu berbatasan langsung dengan Taman Nasional Gunung Merapi (Boyolali), lahan pertanian sayuran dan tembakau. Pada wilayah tengah terdapat tata guna lahan terdiri dari agroforestri dan peternakan sapi perah dan sapi pedaging. Sedangkan bagian hilir ditemukan saluran irigasi parimeter yang digunakan sebagai sarana pengairan. Sementara itu, banyaknya peluang pemanfaatan Sungai Pusur juga berpotensi menimbulkan permasalahan ekosistem baik tekanan yang bersifat alami maupun aktivitas manusia yang melalaikan prinsip pelestarian sungai sehingga terjadi ancaman penurunan kualitas air. Hasil observasi di lapangan dan wawancara menunjukan bahwa Sungai Pusur belum terkelola dengan baik. Ketersediaan sarana fasilitas seperti: pengolahan sampah, ipal komunal dan septic tank belum merata. Selain itu, peningkatan limbah di sektor pertanian, peternakan dan rumah tangga mengakibatkan kualitas air Sungai Pusur menurun. Oleh karena itu, pentingnya inisiasi tata kelola terintegrasi dengan melibatkan partisipasi dan kolaborasi multipihak untuk menjaga kelestarian dan keberlanjutan yang seimbang antara abiotik, biotik, dan sosial.

Hasil penelitian ini bertujuan untuk merumuskan pola struktur dan komposisi vegetasi riparian yang ideal guna mengendalikan penurunan kualitas air Sungai Pusur. Hasil analisis berupa: 1) identifikasi penggunaan lahan di Subdas Pusur dan riparian sungai; 2) identifikasi jenis dan analisis vegetasi riparian sungai berupa struktur dan komposisi vegetasi; 3) analisis faktor yang mempengaruhi kualitas air akan mendapatkan nilai Water Quality Index (WQI) masing-masing stasiun; 4) peran serta masyarakat terhadap kualitas air diperoleh dari nilai tinggi-rendahnya peran masyarakat. Hasil analisis parameter  digabungkan untuk mendapatkan pola struktur dan komposisi vegetasi riparian yang paling ideal untuk menjadi acuan dasar pengelolaan riparian sungai khususnya di wilayah Jawa.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa Sub Daerah Aliran Sungai (DAS) Pusur memiliki luas sekitar 5.781, 87 ha dengan luas sebesar 551.19 ha. Tipe iklim Subdas Pusur menurut Schmidt dan Ferguson di wilayah hulu dan tengah adalah tipe B (Basah) dengan curah hujan sebesar 2.581 mm/tahun dan 2.328 mm/tahun sedangkan wilayah hilir termasuk tipe C (Agak Basah) dengan curah hujan sebesar 2.192 mm/tahun. Lokasi riparian yang berdekatan dengan permukiman cenderung memiliki keanekaragaman jenis dan famili yang lebih rendah dibandingkan lokasi riparian yang berdekatan dengan kebun campuran, tegalan dan pertanian. Parameter fisika, kimia, dan biologi yang tidak memenuhi baku mutu air di sembilan (9) stasiun pengamatan adalah fecal coliform dan fosfat. Telah terjadi intervensi manusia di seluruh stasiun pengamatan. Secara umum peran serta masyarakat terhadap pengelolaan riparian di wilayah Sungai Pusur masih rendah. Hal ini dapat dilihat dari kondisi riparian yang mengalami penurunan keanekaragaman dari hulu ke hilir. Kemudian, peran serta masyarakat terhadap pengelolaan sungai masih relatif rendah. Hal ini bisa dilihat dari aktivitas masyarakat yang masih membuang limbah peternakan, pertanian dan rumah tangga langsung ke badan sungai. Rumusan pola struktur dan komposisi vegetasi ideal di riparian adalah bagian hulu atas dan bawah, dengan ciri-ciri stratifikasi lengkap, komposisi jenis beragam dan tidak terdapat permukiman.