Kopi merupakan salah satu komoditas ekspor terpenting Indonesia. Provinsi Jawa Tengah menduduki peringkat 8 sebagai produsen kopi nasional, dan Kabupaten Temanggung merupakan sentra produksi kopi di Jawa Tengah. Meskipun demikian, kopi Temanggung belum pernah diekspor secara langsung. Luasnya perkebunan kopi robusta di Temanggung menjadikan kopi robusta tumbuh di berbagai ketinggian tempat. Perbedaan ketinggian tempat dapat memunculkan variasi pada fenotip kopi di sepanjang gradien ketinggian tempat. Penggunaan bibit tanam yang beragam pada praktik budidaya kopi robusta Temanggung juga mengarah pada adanya variasi genotip. Variasi terutama pada fenotip kopi dinilai kurang menguntungkan karena memberikan hasil panen dengan kualitas yang tidak seragam. Tujuan penelitian ini adalah meneliti variasi fenotip dan genotip kopi robusta Temanggung di ketinggian tempat 600 dan 900 m dpl, melakukan identifikasi spesies, menganalisis korelasi antara fenotip dengan ketinggian tempat, dan menganalisis korelasi antara variasi fenotip dengan genotip.
Penelitian ini merupakan jenis penelitian deskriptif-eksploratif dengan metode survey lapangan dan eksperimen laboratorium. Pengukuran karakter morfologi tanaman dilakukan di enam lokasi penelitian, yaitu Desa Gesing, Pringsurat, dan Gentan pada ketinggian tempat sekitar 600 m dpl, dan Desa Getas, Wonokerso, dan Tlogopucang pada ketinggian tempat sekitar 900 m dpl. Komposisi biokimia diukur berdasarkan kadar kafein dan keasaman seduhan. Analisis variasi genotip menggunakan penanda molekuler RAPD dengan 10 primer dan identifikasi spesies berdasarkan sekuen ITS rDNA. Data kuantitatif karakter morfologi dan komposisi biokimia dianalisis secara statistik menggunakan LSD test 5%, pita RAPD dihitung jumlah dan persentase polimorfiknya, identifikasi spesies dilakukan dengan penjajaran BLAST, dan analisis korelasi menggunakan Korelasi Pearson 5%.
Seluruh karakter morfologi kuantitatif kopi robusta Temanggung di ketinggian 600 dan 900 m dpl bervariasi, sementara habitus tanaman, tepi daun, dan warna buah muda tidak bervariasi. Kadar kafein dan keasaman seduhan juga menunjukkan variasi. Penanda RAPD menunjukkan variasi dengan polimorfisme DNA sebanyak 95%. Identifikasi spesies mengindikasikan bahwa tanaman kopi robusta Temanggung mirip dengan kopi robusta MK615737.1 dari Filipina dan kopi robusta DQ153593.1 dari Kamerun, dengan persentase kemiripan 97,11%-99,70%. Diameter kanopi pohon, diameter batang, lebar buah, panjang biji, tebal biji, dan kadar kafein memiliki korelasi nyata dengan ketinggian tempat, sementara variasi fenotip dengan variasi genotip kopi robusta Temanggung tidak berkorelasi. Berdasarkan variasi fenotip dan genotip yang ditemukan, direkomendasikan penggunaan bibit tanam yang lebih seragam untuk mengurangi variasi pada hasil panen kopi robusta Temanggung sehingga dapat mencapai kualitas kopi yang lebih baik dan seragam di masa mendatang.

Kata Kunci: Fenotip, genotip, ketinggian tempat, kopi robusta Temanggung, penanda RAPD, variasi