Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis variasi genetik gen leptin terhadap sifat reproduksi pada sapi Friesian Holstein (FH)  yang ada di Indonesia. Pelaksanaan penelitian dimulai dari pengambilan sampel darah sapi perah Friesian Holstein di PT. Ultra Peternakan Bandung Selatan. Ekstraksi DNA dilaksanakan di  Kelompok Penelitian Bioteknologi Hewan, Pusat Penelitian Bioteknologi, Lembaga Ilmu Penelitian Indonesia (LIPI), Cibinong, Bogor.   Amplifikasi dan genotyping gen leptin dilakukan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP), dilaksanakan di Laboratorium Industri Pengolahan Hasil Ternak, Program Studi Peternakan, Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret. Penelitian ini menggunakan  sampel darah sebanyak 96 sapi perah FH. Amplifikasi dan genotyping gen leptin menggunakan primer forward 5'-TGGAGTGGCTTGTTATTTTCTTCT-3' dan reverse 5-'GTCCCCGCTTCTGGCTACCTAACT-3' yang menghasilkan produk  amplifikasi sebesar 422 bp yang kemudian direstriksi dengan enzim Sau3AI. Terdapat 3 genotipe pada sapi Friesian Holstein yaitu CC, CT dan TT. Homozigot CC mempunyai 2 pita DNA yaitu 390bp dan 32bp, genotipe CT mempunyai 4 pita DNA dengan panjang 390bp, 303bp, 88bp dan 32bp sedangkan genotipe TT mempunyai 3 pita DNA dengan panjang 303bp, 88bp dan 32bp. Frekuensi genotipe CC, CT dan TT masing-masing  0,69; 0,29 dan 0,02. Analisis Hardy-Weinberg menggunakan chi-square menunjukkan kesetimbangan pada sapi FH (P>0,05). Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada sampel sapi Friesian Holstein yang diamati ditemukan tiga pola pemotongan sehingga disimpulkan bahwa gen leptin bersifat polimorfik dan berpotensi dijadikan marker assisted selection pada sifat reproduksi sapi perah FH di Indonesia.