Variasi genetik menjadi perhatian utama dalam program konservasi sumber daya genetik. Tujuan penelitian adalah untuk mengukur tingkat variasi genetik yang dapat merepresentasikan ketegaran populasi Javan gibbon atau Owa Jawa di hutan dataran rendah Petugkriyono. Pengukuran variasi genetik dilakukan  berdasarakan marka genetik cyt b dari mitokondria DNA karena memiliki tingkat variasi tinggi sehingga dapat melihat perbedaan setiap individu. Study Recce Walk dilakukan sebagai penelitian pendahuluan untuk mengetahui sebaran kelompok sosial secara cepat. Sampel yang digunakan sejumlah 12 sampel yang mewakili 12 kelompok dari 4 subpopulasi. Sampel yang digunakan berupa feses yang dipastikan dari kelompok berbeda. Feses disimpan dalam tabung sentrifius 15 ml dan ditambahkan etanol 98% disimpan pada suhu -20°C. Ekstraksi DNA menggunakan ZymoBIOMICS DNA Microprep kit dari Zymo Research Corporation dan mengikuti protokol yang direkomendasikan oleh perusahaan. PCR amplifikasi dilakukan dengan primer spesifik yang telah didesain melalui Primer3 dengan urutan proses predenaturasi 95°C selama 2 menit, denaturasi pada suhu  95°C selama 15 detik, annealing pada suhu 52°C selama 30 detik, ekstensi pada suhu  72°C selama 15 detik dan diulang sebanyak 35 kali. Produk PCR divisualisasi melalui elektroforesis, kemudian dilakukan sekuensing. Sekuens cyt b dilakukan pensejajaran menggunakan ClustalW. Variasi genetik dinyatakan dengan parameter haplotype diversity (Hd), nucleotide diversity (?), SNPs, haplotype network dan pola filogeografi. Pengukuran variasi genetik dalam haplotype diversity Hd=0,72273, nucleotide diversity ?=0,00602 dan situs polimorfik s=14. Nilai variasi genetik tergolong sedang, dan merepresentasikan ketegaran populasi Javan gibbon yang kurang baik. Nilai variasi genetik yang sedang memiliki arti untuk populasi Javan gibbon lebih beresiko akan terjadinya kepunahan dibandingkan dengan nilai variasi genetik yang tinggi terhadap adanya tekanan perubahan kondisi habitat yang terus terjadi.