Variasi genetik menjadi perhatian utama dalam program konservasi sumber daya genetik. Tujuan penelitian adalah untuk mengukur tingkat variasi genetik yang dapat merepresentasikan ketegaran populasi Javan gibbon</em> atau Owa Jawa di hutan dataran rendah Petugkriyono. Pengukuran variasi genetik dilakukan  berdasarakan marka genetik cyt b</em> dari mitokondria DNA karena memiliki tingkat variasi tinggi sehingga dapat melihat perbedaan setiap individu. Study Recce Walk</em> dilakukan sebagai penelitian pendahuluan untuk mengetahui sebaran kelompok sosial secara cepat. Sampel yang digunakan sejumlah 12 sampel yang mewakili 12 kelompok dari 4 subpopulasi. Sampel yang digunakan berupa feses yang dipastikan dari kelompok berbeda. Feses disimpan dalam tabung sentrifius 15 ml dan ditambahkan etanol 98% disimpan pada suhu -20°C. Ekstraksi DNA menggunakan ZymoBIOMICS DNA Microprep kit</em> dari Zymo Research Corporation</em> dan mengikuti protokol yang direkomendasikan oleh perusahaan. PCR amplifikasi dilakukan dengan primer spesifik yang telah didesain melalui Primer3 dengan urutan proses predenaturasi 95°C selama 2 menit, denaturasi pada suhu  95°C selama 15 detik, annealing pada suhu 52°C selama 30 detik, ekstensi pada suhu  72°C selama 15 detik dan diulang sebanyak 35 kali. Produk PCR divisualisasi melalui elektroforesis, kemudian dilakukan sekuensing. Sekuens cyt b</em> dilakukan pensejajaran menggunakan ClustalW. Variasi genetik dinyatakan dengan parameter haplotype diversity</em> (Hd), nucleotide diversity</em> (?), SNPs, haplotype network</em> dan pola filogeografi. Pengukuran variasi genetik dalam haplotype diversity</em> Hd</em>=0,72273, nucleotide diversity</em> ?</em>=0,00602 dan situs polimorfik s</em>=14. Nilai variasi genetik tergolong sedang, dan merepresentasikan ketegaran populasi Javan gibbon</em> yang kurang baik. Nilai variasi genetik yang sedang memiliki arti untuk populasi Javan gibbon</em> lebih beresiko akan terjadinya kepunahan dibandingkan dengan nilai variasi genetik yang tinggi terhadap adanya tekanan perubahan kondisi habitat yang terus terjadi.</p>

 </p>

 </p>