Bawang merah merupakan komoditas penting di Indonesia karena sering digunakan sebagai bumbu masakan. Konsumsi bawang merah sektor rumah tangga meningkat 8,33% pada tahun 2021 dibandingkan tahun 2020. Penyakit moler yang disebabkan oleh Fusarium oxysporum f.sp. cepae merupakan salah satu penyakit utama dalam budi daya bawang merah yang dapat menyebabkan kehilangan hasil hingga 60%. F. oxysporum termasuk jenis patogen lemah yang hanya mampu menginfeksi tanaman dalam kondisi rentan. Pengendalian yang sesuai dengan pertanian berkelanjutan yaitu dengan cara memperbaiki ketahanan tanaman melalui pemenuhan kebutuhan unsur hara dan aplikasi agens pengendali hayati. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji pengaruh agens pengendali hayati pada jenis tanah berbeda terhadap pengendalian penyakit moler dan pertumbuhan bawang merah. Rancangan penelitian menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) faktorial. Faktor pertama yaitu agens pengendali hayati (Bacillus, Streptomyces, Azospirillum, dan Azotobacter) dan faktor kedua yaitu jenis tanah (regosol, alluvial, dan latosol). Terdapat 18 perlakuan dengan tiga kali ulangan. Data dianalisis menggunakan Analysis of Variance (ANOVA) taraf 5% dan dilanjutkan dengan DMRT taraf 5%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa efektivitas pengendalian Azotobacter dalam menekan penyakit moler sebesar 20,33% terhadap kontrol dengan inokulasi Fusarium tanpa agens. Jenis tanah regosol dan latosol memengaruhi perkembangan penyakit moler paling tinggi dibandingkan tanah alluvial. Azotobacter paling efektif pada tanah regosol dalam menekan penyakit moler sebesar 27,67% terhadap kontrol dengan inokulasi Fusarium tanpa agens, perlakuan Streptomyces pada tanah alluvial memengaruhi rerata tinggi tanaman paling tinggi, serta perlakuan Azospirillum pada tanah regosol memengaruhi rerata jumlah daun paling banyak.