Matoa (Pometia pinnata) berasal dari famili Sapindaceae yang terdiri atas tiga jenis yaitu matoa hijau, matoa kuning, dan matoa merah. Ketiga jenis tumbuhan tersebut memiliki karakter morfologi yang hampir sama. Keragaman genetik yang ditampilkan dari analisis pola pita DNA mampu memberikan informasi keragaman genetik matoa berdasarkan pola pita DNA. Penelitian bertujuan untuk mempelajari keragaman genetik matoa dari pita DNA yang dihasilkan dengan metode RAPD pada matoa hijau, matoa kuning, dan matoa merah. Penelitian dilaksanakan bulan Juni – November 2022 di Laboratorium Pemuliaan Tanaman, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Isolasi DNA dari daun matoa hijau, matoa kuning, dan matoa merah diamplifikasi menggunakan metode RAPD dengan primer OPA 19, OPB 15, OPD 08, OPD 11, dan OPD 13. Analisis data didasarkan pada ada tidaknya pita DNA. Profil pita DNA diterjemahkan ke dalam data biner menggunakan ketentuan nilai 0 untuk pita kosong dan 1 untuk pita yang memiliki DNA. Analisis data dilakukan menggunakan program NTSYSpc versi 2.02. Analisis kemiripan genetik dilakukan dengan fungsi SimQual (Similarity for Qualitatif Data) dengan matrik kemiripan genetik dihitung berdasarkan koefisien SM (Simple Matching). Analisis klaster (pengelompokan) dilakukan dengan fungsi SAHN (Sequential Agglomerative Hierarchycal Nested) dengan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) untuk menghasilkan dendrogram. Hasil penelitian menunjukkan keragaman pola pita DNA yang dihasilkan pada pengelompokan 0,62 – 0,70. Berdasarkan analisis dendrogram, matoa hijau dan matoa kuning memiliki tingkat kemiripan genetik yang lebih dekat dengan koefisien 0,70 dan keduanya memiliki tingkat kemiripan genetik dengan koefisien 0,62 terhadap matoa merah. Berdasarkan 5 primer RAPD, ditemukan primer dengan lokus spesifik untuk matoa hijau pada primer OPB 15 dan OPD 08, matoa kuning pada primer OPA 19, OPD 08, dan OPD 13, serta matoa merah pada primer OPB 15, OPD 08, OPD 11, dan OPD 13.