Latar Belakang: Hirschsprung-Associated Enterocolitis (HAEC) merupakan komplikasi pasca pembedahan koreksi Hirschsprung disease dengan penyumbang morbiditas dan mortalitas yang tinggi. Pemilihan prosedur bedah, seperti Transanal Endorectal Pull and through (TAERPT) dan Duhamel, diyakini dapat memengaruhi risiko terjadinya HAEC. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan angka kejadian komplikasi HAEC pada pasien Hirschsprung Disease pasca menjalani tindakan TAERPT dengan pasca tindakan Duhamel. Metode: Penelitian ini menggunakan metode analitik observasional dengan pendekatan cross-sectional. Sebanyak 64 pasien Hirschsprung disease di RSUD Dr. Moewardi yang memenuhi kriteria inklusi dilibatkan sebagai subjek penelitian, yang terbagi rata menjadi kelompok prosedur TAERPT (n=32) dan kelompok Duhamel (n=32). Diagnosis dan tingkat keparahan HAEC dinilai menggunakan skor HAEC (skor ≥10 diinterpretasikan sebagai HAEC). Analisis statistik dilakukan untuk mencari nilai prevalence ratio (PR). Hasil: Rerata onset evaluasi skor HAEC kelompok TAERPT terjadi lebih awal (5,50±1,90 bulan) dibandingkan dengan kelompok Duhamel (16,09±16,33 bulan). Rerata skor HAEC pada kelompok TAERPT sedikit lebih tinggi (4,06 ± 1,26) dibandingkan kelompok Duhamel (3,90 ± 1,08). Namun demikian, seluruh pasien pada kedua kelompok (100%) memiliki skor HAEC < 10, yang berarti seluruh manifestasi klinis tergolong ringan hingga sedang dan tidak ada yang mencapai batas diagnostik HAEC. Hasil perhitungan prevalence ratio didapatkan nilai 1. Kesimpulan: Tidak terdapat perbedaan risiko terjadinya angka kejadian komplikasi HAEC pada pasien pasca tindakan bedah TAERPT maupun Duhamel. Meski rata-rata skor klinis ditemukan sedikit lebih tinggi pada kelompok TAERPT dibandingkan kelompok Duhamel, seluruh pasien di kedua kelompok tidak ada yang mengalami insiden HAEC.