Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi sistem pengendalian internal pelaksanaan belanja BLUD Puskesmas Wonogiri pada tahun 2021 dan 2022. Penulis menggunakan metode penelitian kualitatif dengan data primer dan sekunder yang diperoleh melalui observasi langsung pada saat pelaksanaan audit serta melaksanakan studi literatur terkait sistem pengendalian internal. Sistem pengendalian internal memiliki beberapa unsur yang meliputi struktur organisasi untuk memisahkan wewenang, sistem otorisasi dan prosedur pencatatan, praktik yang sehat serta karyawan sesuai dengan tanggung jawabnya. Pada penelitian ini penulis juga menjelaskan bagan alir (flowchart) proses belanja BLUD yang terdiri dari Uang Persediaan (UP), Ganti Uang (GU), dan Langsung (LS). Hasil penelitian menunjukkan bahwa pelaksanaan sistem pengendalian internal belanja BLUD Puskesmas Wonogiri telah memiliki beberapa kelebihan yang ditinjau dari unsur – unsur sistem pengendalian internal. Namun, pelaksanaan sistem pengendalian internal BLUD Puskesmas Wonogiri juga terdapat beberapa kelemahan yang nantinya akan berpengaruh pada beberapa pengelolaan transaksi belanja BLUD dan tentunya akan menghambat pelaksanaan prosedur belanja BLUD. Oleh karena itu, penulis mencoba memberikan saran dan masukan untuk BLUD Puskesmas Wonogiri agar dapat memperbaiki dan meningkatkan sistem pengendalian internal terutama terkait pelaksanaan belanja BLUD.