Sistem keuangan daerah di Indonesia beralih menuju sistem desentralisasi dengan tujuan agar pelaksanaan otonomi daerah terkait dengan fungsi alokasi dapat lebih efisien. Alokasi pengeluaran pemerintah daerah yang efisien, akan mendorong peningkatan pada kualitas pembangunan manusia khususnya pada fungsi pendidikan dan kesehatan. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui tingkat efisiensi pengeluaran daerah fungsi pendidikan dan kesehatan pada daerah kabupaten/kota di Provinsi Jawa Tengah pada tahun 2018-2021 serta melihat perbedaan efisiensi pada masa sebelum dan selama adanya pandemi Covid-19. Metode yang digunakan yaitu Data Envelopment Analysis (DEA) dengan bantuan software MaxDEA 8 dilakukan analisis efisiensi teknis biaya dan efisiensi teknis sistem dengan asumsi Variable Return to Scale (VRS). Adapun variabel yang digunakan dalam penelitian ini adalah variabel input berupa realisasi belanja daerah fungsi pendidikan dan kesehatan, variabel output intermediate berupa rasio murid terhadap guru dan rasio tenaga medis per 100.000 penduduk, serta variabel outcome berupa Angka Harapan Hidup (AHH), Rata-rata Lama Sekolah (RLS), dan Indeks Pembangunan Manusia (IPM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa rata-rata kabupaten/kota di Provinsi Jawa Tengah masih belum efisien dalam melakukan alokasi pengeluaran untuk fungsi pendidikan dan kesehatan, baik secara efisiensi teknis biaya maupun efisiensi teknis sistem. Hasil pebandingan efisiensi secara keseluruhan (overall efficiency), baik sebelum pandemi (tahun 2018-2019) maupun selama masa pandemi Covid-19 (tahun 2020-2021), pengeluaran daerah di fungsi pendidikan dan kesehatan pada kabupaten/kota Provinsi Jawa Tengah masih terjadi inefisiensi.