Efek sinergisme likopen-kuersetin terinkorporasi dalam sistem sustained release berbasis mikropartikel menawarkan terapi ulcerative colitis (UC) yang lebih efektif dibandingkan terapi konvensional. Kinerja sistem ini dipengaruhi oleh jumlah polimer berbasis pH dependence (Eudragit L), time dependence (Eudragit RS), dan muatan obat. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji pengaruh, mengoptimasi, dan melakukan karakterisasi formula mikropartikel likopenkuersetin berdasarkan konsentrasi Eudragit RS PO dan muatan obat. Formula optimum mikropartikel ditetapkan berdasarkan variabel konsentrasi Eudragit RS PO dan jumlah muatan obat menggunakan model 2² factorial design. Evaluasi mikropartikel dilakukan terhadap drug loading (DL), entrapment efficiency (EE), ukuran partikel, dan sebaran ukuran partikel. Hasil evaluasi dianalisis menggunakan metode analisis regresi linear berganda untuk menjustifikasi pengaruh dan interaksi antarfaktor dengan taraf kepercayaan 95%. Formula optimum diperoleh menggunakan metode superimposed dari hasil analisis seluruh parameter dan dikarakterisasi menggunakan scanning electron microscopy, Fourier transform infrared, x-ray diffraction, differential scanning calorimetry, serta thermal gravimetric analysis. Hasil penelitian menunjukkan jumlah muatan obat berpengaruh lebih dominan dalam meningkatkan EE dan DL dibandingkan dengan konsentrasi Eudragit RS PO. Kombinasi jumlah muatan obat dan Eudragit RS PO pada konsentrasi tinggi mampu menurunkan ukuran partikel dan sebaran ukuran partikel. Formula optimum mikropartikel likopen-kuersetin dapat diperoleh pada kombinasi 5,0% Eudragit RS PO dan 5,5% muatan obat. Formula optimum mikropartikel likopen-kuersetin memiliki morfologi bulat dengan permukaan halus bersifat amorf dan lebih stabil secara termal dibandingkan bahan aktif tanpa dimodifikasi.