Selalu ada tantangan di dalam sebuah konstruksi yang dapat menyebabkan pembengkakan biaya dan keterlambatan pelaksanaan konstruksi, salah satunya adalah pemborosan atau disebut juga dengan waste. Sehingga, perlu adanya penerapan lean construction yang tepat dan berkelanjutan untuk mengelola pemborosan ini. Variabel dan faktor penyebab waste dalam proyek konstruksi dapat diidentifikasi setelah melakukan penyebaran kuesioner kepada pihak yang terlibat dalam konstruksi yang selanjutnya dianalisis dengan menggunakan metode borda. Sedangkan akar penyebab waste dapat diidentifikasi menggunakan root cause analysis (RCA) dengan tools 5-why’s. Setelah mengetahui faktor penyebab waste yang paling dominan, selanjutnya dilakukan pemilihan alternatif untuk meminamilisir terjadinya waste dengan menggunakan metode analytic hierarchy process (AHP). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa waste yang dominan terjadi di Proyek Pembangunan Jalan Tol Yogyakarta – Bawen Seksi 6 adalah variabel waiting dengan persentase 25%, variabel defect dengan persentase 23%, dan variabel transportation dengan persentase 20%.