Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji pengaruh penyerbukan silang terhadap pertumbuhan bibit dan bahan pencucian terhadap viabilitas benih hasil penyerbukan silang antara buah naga putih (Hylocereus undatus) x kuning (Selenicereus megalanthus) dan sebaliknya serta ungu (Hylocereus costaricensi) x kuning (Selenicereus megalanthus) dan sebaliknya. Penelitian dilaksanakan pada bulan Maret hingga Oktober 2010 di Laboratorium Fisiologi Tumbuhan dan Laboratorium Rumah Kaca Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret, Surakarta. Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) dengan 2 faktor perlakuan dan 4 taraf serta pengulangan menyesuaikan kondisi. Faktor pertama adalah benih persilangan buah naga putih x kuning, putih x kuning, ungu x kuning, dan kuning x ungu. Faktor ke dua adalah bahan pencucian benih yaitu tanpa bahan pencucian, air, air kapur, dan air abu. Analisis data yang digunakan adalah dengan analisis deskriptif. Variabel yang diamati adalah viabilitas benih, saat muncul tunas pertama, tinggi bibit, saat muncul tunas anakan, dan jumlah tunas anakan.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa hasil penyerbukan silang buah naga Hylocereus x Selenicereus dan sebaliknya menghasilkan benih berviabilitas rendah. Hal tersebut dikarenakan hasil persilangan tersebut menghasilkan benih poliploidi (triploid, pentaploid, heksaploid, aneuploid) sehingga bahan pencucian tidak berpengaruh terhadap viabitas benih. Viabilitas benih lebih dipengaruhi oleh faktor genetik. Hasil penyerbukan silang juga mempengaruhi pertumbuhan bibit buah naga. Pertumbuhan bibit tersebut menjadi lambat, seperti pada saat muncul tunas pertama, tinggi bibit, dan saat muncul tunas anakan. Pertumbuhan bibit yang lambat tidak mempengaruhi jumlah tunas anakan yang dihasilkan.
