Buah naga merupakan buah yang mempunyai nilai ekonomi yang tinggi dan menyehatkan bagi tubuh. Terdapat 2 genus dan jenis buah naga di Indonesia yaitu Hylocereus dan Selenicereus yang masing-masing genus mempunyai karakteristik buah seperti ukuran buah dan tingkat kemanisan buah yang bermacam-macam. Untuk mendapatkan buah naga yang baik, maka dilakukan penyerbukan silang antar genus tersebut. Benih buah naga hasil penyerbukan silang tersebut akan dibudidayakan.Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji pengaruh hasil penyerbukan silang (antar genus) dan bahan pencucian terhadap viabilitas benih dan pertumbuhan bibit hasil penyerbukan silang antara buah naga putih (Hylocereus undatus) x kuning (Selenicereus megalanthus) dan sebaliknya serta ungu (Hylocereus costaricensi) x kuning (Selenicereus megalanthus) dan sebaliknya. Penelitian dilaksanakan pada bulan Maret hingga Oktober 2010 di Laboratorium Fisiologi Tumbuhan dan Laboratorium Rumah Kaca Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret, Surakarta.Hasil penelitian menunjukkan adanya pengaruh penyerbukan silang buah naga Hylocereus x Selenicereus dan sebaliknya terhadap benih yang dihasilkan. Hasil persilangan tersebut menghasilkan benih bersifat poliploidi yang menyebabkan pertumbuhan lambat. Benih yang dikecambahkan mempunyai viabilitas rendah dan perkecambahannya tidak dipengaruhi oleh macam bahan pencucian benih. Pertumbuhan bibit menjadi lambat seperti saat muncul tunas pertama, tinggi bibit, dan saat muncul tunas anakan. Pertumbuhan bibit yang lambat tidak mempengaruhi jumlah tunas anakan yang dihasilkan.