Penelitian ini bertujuan untuk menguji secara empiris pengaruh karakteristik pemerintah daerah dan hasil pemeriksaan audit BPK terhadap kinerja keuangan pemerintah daerah di Pulau Jawa tahun 2011. Karakteristik pemerintah daerah terdiri atas ukuran daerah, tingkat kekayaan daerah, tingkat ketergantungan kepada pusat, belanja daerah, dan ukuran legislatif. Hasil pemeriksaan BPK diukur oleh temuan audit dan opini audit. Penelitian ini menggunakan teknik purposive sampling, dengan sampel pemerintah daerah Kabupaten/Kota di Pulau Jawa. Jumlah sampel dalam penelitian ini berjumlah 118 pemerintah daerah, namun tidak semua dapat dijadikan sampel karena tidak semua dapat memenuhi kriteria sebagai sampel. Pada batas akhir pengumpulan data hanya 94 data yang berhasil diolah. Metode analisis yang digunakan meliputi analisis deskriptif untuk mengetahui deskripsi tentang masing-masing variabel yang diteliti. Selanjutnya, uji regresi berganda digunakan untuk menguji hipotesis dalam penelitian ini. Hasil penelitian ini menemukan bahwa ukuran daerah, tingkat kekayaan daerah, dan opini audit berpengaruh negatif tidak signifikan terhadap kinerja keuangan pemerintah daerah di Pulau Jawa. Tingkat ketergantungan kepada pusat dan belanja daerah berpengaruh positif signifikan. Ukuran legislatif dan temuan audit berpengaruh positif signifikan terhadap kinerja keuangan pemerintah daerah di Pulau Jawa.