Penelitian ini dilakukan untuk menguji pengaruh pengaruh kompetensi dan independensi auditor terhadap kualitas audit investigatif pada kantor perwakilan BPK-RI Yogyakarta. Variabel independen yang digunakan dalam penelitian ini adalah kompetensi dan independensi auditor dan variabel dependen adalah kualitas audit investigatif. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah 50 auditor. Metode yang digunakan dalam pemilihan sampel adalah metode sensus. Data penelitian menggunakan data primer dengan cara menyebarkan kuesioner ke BPK-RI perwakilan Yogyakarta. Model analisis yang digunakan dalam penelitian ini yaitu regresi linier berganda dan menggunakan aplikasi SPSS versi 16.0. Hasil pengujian regresi linier berganda menunjukkan bahwa secara simultan kompetensi dan independensi berpengaruh terhadap kualitas audit investigatif yang dilakukan oleh auditor BPK-RI Yogyakarta. Secara parsial, kompetensi berpengaruh positif dan signifikan terhadap kualitas audit investigatif. Sementara independensi berpengaruh negatif dan tidak signifikan terhadap kualitas audit investigatif.