Latar belakang: Alat kontrasepsi suntik 3 bulan (Progestin) merupakan salah satu kontrasepsi yang mengandung hormon Progesteron. Salah satu efek samping dari metode kontrasepsi Progestin ini adalah adanya gangguan menstruasi pada penggunaan jangka panjang. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan antara lama pemakaian KB suntik dengan gangguan menstruasi pada akseptor KB suntik 3 bulan di BPS Sri Wahyuni Desa Natah Kabupaten Sragen. Metode penelitian: Observasional analitik dengan pendekatan cross sectional. Sampel yang digunakan sebanyak 50 responden, teknik sampling dengan total sampling. Teknik pengumpulan data menggunakan pedoman wawancara responden. Analisis data menggunakan uji statistik lambda, dan diolah menggunakan program SPSS 16.0 for windows. Hasil penelitian: responden yang mengalami amenorea sebanyak 25 (50%), spooting sebanyak 8 responden (6%), metroraghia sebanyak 2 responden (4%), menorarghia sebanyak 2 responden (4%). Hasil uji statistik lambda p=0.043, dan r= 0.538. Simpulan: Terdapat hubungan yang signifikan antara lama pemakaian KB suntik dengan gangguan menstruasi pada akseptor KB suntik 3 buln di BPS Sri Wahyuni Desa Natah Kabupaten Sragen.