Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui permasalahan pembelajaran kelas XI MIPA SMA Negeri 1 Banyudono pada materi struktur dan fungsi jaringan tumbuhan dan selanjutnya mengembangkan media pembelajaran berupa emagazine flipbook. Penelitian ini merupakan penelitian dengan metode campuran (mixed method) yang mengkombinasikan antara penelitian kuantitatif dan kualitatif. Pada penelitian ini menggunakan concurrent triangulation design. Subjek penelitian adalah siswa kelas XI MIPA SMA Negeri 1 Banyudono sebanyak 58 siswa dengan teknik pengambilan simple random sampling. Teknik pengumpulan data kualitatif melalui wawancara, sedangkan data kuantitatif diperoleh dari angket analisis permasalahan dan validasi ahli. Teknik analisis data kualitatif dianalisis secara deskriptif kualitatif, sedangkan data kuantitatif dianalisis dengan pemodelan Rasch menggunakan aplikasi ministep. Hasil penelitian menunjukkan bahwa berdasarkan angket dan wawancara maka siswa mengalami permasalahan dalam mempelajari materi jaringan tumbuhan. Siswa kesulitan dalam penggunaan istilah ilmiah, kesulitan membedakan antar jaringan, dan kesulitan dalam mengaitkan antar konsep. Media pembelajaran e-magazine flipbook yang dikembangkan telah divalidasi oleh ahli media dengan kategori sangat layak, ahli materi dengan kategori layak, dan ahli praktisi dengan kategori layak. Siswa juga memberikan respon yang positif terhadap media e-magazine flipbook.