Tesis ini bertujuan untuk untuk menganalisis perlindungan hukum bagi pemilik sertifikat hak atas tanah yang sah terkait penerbitan sertifikat pengganti yang dilakukan oleh Badan Pertanahan Nasional dan menganalisis perlindungan yang ideal sesuai dengan hukum yang berlaku agar terciptanya kepastian hukum bagi pemilik sertifikat hak atas tanah yang sah. Penelitian ini merupakan penelitian hukum normatif bersifat preskriptif dengan metode pendekatan perundang-undangan dan pendekatan kasus. Analisa data ini menggunakan model analisis metode deduktif. Berdasarkan hasil penelitian tesis dapat diambil kesimpulan bahwa sertifikat pengganti yang dikeluarkan Badan Pertanahan Nasional belum memberikan perlindungan hukum bagi pemilik sertifikat hak milik atas tanah yang sah, karena permasalahannya ada pada penerbitan sertifikat pengganti. Badan Pertanahan Nasional telah mengeluarkan sertifikat pengganti yang seharusnya sertifikat pengganti tersebut akibat hukumnya batal karena telah terjadi kesalahan prosedur dalam penerbitannya tidak sesuai peraturan perundang-undangan. Pengaturan hukum mengenai permohonan sertifikat pengganti yang dikeluarkan Badan Pertanahan Nasional, agar terciptanya kepastian hukum, seharusnya dapat ditegaskan dan diterapkan, kepastian hukum yang seharusnya dilakukan dengan memberikan hak-hak bagi pemilik sertifikat hak milik atas tanah yang sah.