Setiap mahasiswa memiliki perbedaan karakteristik dan kemampuan beradaptasi dalam menjalani suatu proses pembelajaran. Perubahan lingkungan dan metode pembelajaran dari tatap muka menjadi daring pada masa pandemi Covid-19 akan menimbulkan perbedaan persepsi yang kemungkinan juga memiliki hubungan dengan motivasi belajar mahasiswa. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan persepsi mahasiswa terhadap pembelajaran daring dengan motivasi belajar mahasiswa kedokteran. Penelitian ini merupakan penelitian kuantitatif observasional analitik dengan metode cross-sectional. Sampel diambil dengan metode stratified random sampling dari mahasiswa kedokteran suatu universitas negeri di Indonesia angkatan 2019-2021 sebanyak total 252 orang. Data primer dikumpulkan menggunakan kuesioner. Analisis data dilakukan dengan analisis korelasi Pearson Product Moment. Hasil: Sejumlah 173 orang (68,7%) mahasiswa memiliki nilai total persepsi terhadap pembelajaran daring dalam kategori sedang. Selain itu, terdapat 188 orang mahasiswa (74,6%) memiliki nilai skor motivasi belajar juga dalam kategori sedang. Hasil uji korelasi antara variabel persepsi terhadap pembelajaran daring dengan motivasi belajar mahasiswa kedokteran menunjukkan nilai r=0,128 dengan p-value=0,043 (<0>. Simpulan: terdapat hubungan yang signifikan dan positif antara persepsi terhadap pembelajaran daring dengan motivasi belajar mahasiswa kedokteran.