Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh fee audit dan rotasi audit terhadap kualitas audit yang dimediasi oleh independensi auditor. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini yaitu perusahaan sektor healthcare dan transportation and logistics yang terdaftar dalam Bursa Efek Indonesia (BEI) selama periode 2015-2019 yang memenuhi kriteria yang sudah ditentukan peneliti. Teknik pengambilan sampel yang digunakan termasuk dalam kategori non-probability sampling menggunakan pendekatan purposive sampling method. Analisis data yang digunakan yaitu analisis regresi data panel dengan bantuan aplikasi Software Eviews versi 12 untuk memudahkan peneliti dalam melakukan pengolahan data. Selain analisis regresi data panel, peneliti menambahkan analisis jalur (path analysis) untuk melakukan pengujian terkait pengaruh variabel mediasi yang digunakan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) Fee audit memiliki pengaruh signifikan terhadap kualitas audit, (2) Rotasi audit tidak memiliki pengaruh signifikan terhadap kualitas audit, (3) Fee audit tidak memiliki pengaruh signifikan terhadap independensi auditor, (4) Rotasi audit memiliki pengaruh signifikan terhadap independensi auditor, (5) Independensi auditor tidak memiliki pengaruh yang signifikan terhadap kualitas audit, (6) Independensi auditor tidak dapat memediasi pengaruh fee audit terhadap kualitas audit, (7) Independensi auditor tidak dapat memediasi pengaruh rotasi audit terhadap kualitas audit.