Perairan Indonesia, khususnya Pulau Jawa, merupakan habitat potensial bagi Limnospira platensis, sianobakteri penghasil fikosianin yang memiliki nilai ekonomi tinggi sebagai antioksidan di industri farmasi dan nutraseutikal. Namun, optimasi produksi fikosianin di skala industri sering terkendala oleh salinitas lingkungan dan terbatasnya informasi mengenai karakteristik molekuler strain lokal. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh salinitas terhadap produksi biomassa dan fikosianin, serta mengkarakterisasi gen fikosianin subunit β dan α pada tiga strain lokal melalui pendekatan in silico untuk pemodelan struktur tida dimensi protein. Penelitian ini dirancang menggunakan metode eksperimental terhadap tiga strain L. platensis asal Jepara (JPR), Yogyakarta (MRP), dan Bogor (BGR) dengan perlakuan variasi salinitas pada konsentrasi garam 10, 20, dan 30 ppt. Karakterisasi molekuler dilakukan melalui sekuensing gen fikosianin, diikuti dengan analisis filogenetik, pemodelan struktur protein, dan molecular docking untuk memprediksi interaksi subunit β dan α serta pengikatan fikosianobilin (PCB). Hasil penelitian menunjukkan bahwa respon fisiologis terhadap salinitas bersifat spesifik pada tingkat strain dengan produksi fikosianin optimal pada strain JPR dan BGR tercapai pada salinitas 20 ppt, sedangkan strain MRP menunjukkan adaptasi unggul pada 30 ppt. Analisis filogenetik mengonfirmasi kedekatan genetik yang lebih erat antara strain JPR dan BGR dibandingkan dengan MRP. Secara struktural, ketiga strain memiliki tingkat konservasi yang tinggi pada domain fungsional, meskipun ditemukan variasi pada orientasi heliks terminal dan fleksibilitas daerah loop. Nilai binding affinity menunjukkan strain JPR dan MRP memiliki ikatan paling stabil. Kesimpulan dari penelitian ini adalah salinitas berpengaruh signifikan terhadap produktivitas fikosianin. Analisis docking memprediksi bahwa meskipun terdapat substitusi asam amino pada gen β dan α, stabilitas interaksi protein dan fungsi pengikatan PCB tetap terjaga.