Penelitian ini mengkaji masalah struktural dalam penyelesaian pelanggaran hak asasi manusia berat di Indonesia yang masih didominasi oleh Jaksa Agung. Meskipun Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM) telah diberikan mandat konstitusional dan undang-undang untuk melakukan penyelidikan Praktik sejak pertama kali dibentuknya Komnas HAM melalui Keputusan Presiden Nomor 50 Tahun 1993 menunjukkan bahwa kewenangan tersebut tidak cukup efektif. Penelitian ini menggunakan penelitian hukum normatif dengan menelaah peraturan perundang-undangan, putusan pengadilan, serta literatur akademik. Dengan tujuan untuk mengetahui bagaimana pengaturan pada kewenangan yang ada saat ini dan menganalisis model penguatan kewenangan komnas HAM. Hasil penelitian menunjukkan peraturan yang mengatur kewenangan Komnas HAM  saat ini masih  melemahkan kewenangan komnas HAM dalam proses penyelesaian kasus pelanggaran HAM Berat karena tidak memiliki daya paksa dalam penyelidikan, hanya terbatas sebagai penyelidik, serta kewenangan Komnas HAM yang masih memiliki ketergantungan penuh kepada Jaksa Agung. Hasil selanjutnya dengan membandingkan dengan kewenangan yang dimiliki Lembaga HAM milik Afrika Selatan dan kesesuaian dengan Prinsip-prinsip Paris maka diberikan sebuah model transformasi Komnas HAM menjadi lembaga dengan kewenangan sebagai penyelidik, penyidik, dan penuntut umum dalam perkara pelanggaran HAM berat dengan sebuah kontrol berupa dewan pengawas independen yang setara agar tidak terjadi penyalahgunaan kekuasaan. Model penguatan kewenangan Komnas HAM tersebut dapat memperkuat akses korban terhadap keadilan yang lebih masih belum menemui jalan keluar, mengurangi praktik impunitas, serta meningkatkan kepercayaan publik.