Produktivitas bawang merah (Allium ascalonicum) di Jawa Tengah khususnya Brebes sebagai sentra produksi belum sesuai dengan potensinya. Salah satu faktor penyebabnya antara lain akibat serangan patogen moler. Tanah salin yang merupakan akibat masuknya air laut ke daratan menjadi salah satu faktor yang diduga berpengaruh meningkatkan intensitas moler. Pengendalian telah dilakukan petani di Brebes menggunakan pestisida kimia. Alternatif pengendalian lain diperlukan untuk mengurangi dampak negatif pestisida kimia, salah satunya menggunakan agens hayati. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji pertumbuhan bawang merah dan pengaruh agens hayati terhadap patogen moler pada tanah salin. Penelitian menggunakan metode percobaan Rancangan Acak Kelompok Lengkap (RAKL) 2 faktor dengan 3 kali ulangan. Faktor pertama berupa salinitas tanah yang terdiri dari 4 taraf yaitu 1; 2,15; 4; dan 0,2 mS cm-1 sebagai kontrol. Faktor kedua berupa agens hayati yang terdiri dari 3 taraf yaitu Trichoderma sp., Gliocladium sp., dan tanpa agens hayati. Terdapat 2 kontrol, positif (0,2 mS cm-1 + Foc) dan negatif (0,2 mS cm-1 + tanpa Foc). Hasil penelitian menunjukkan bahwa salinitas meningkatkan variabel penyakit tetapi menurunkan variabel pertumbuhan. Tanah salin 4 mS cm-1 menunda munculnya gejala, tetapi meningkatkan intensitas penyakit dan menurunkan semua variabel pertumbuhan. Trichoderma sp. lebih baik dibandingkan Gliocladium sp. dalam mengurangi intensitas penyakit pada kondisi salin. Trichoderma sp. mampu memicu tinggi tanaman lebih baik daripada Glicoladium sp., tetapi Gliocladium sp. lebih baik dalam memicu jumlah daun pada kondisi salin.