Perkembangan teknologi nanoteknologi mendorong perlunya sistem kontrol dan monitoring yang efisien pada mesin CNC (Computer Numerical Control) yang dikembangkan khusus untuk aplikasi Scanning Probe berbasis plasma. Penelitian ini berfokus pada perancangan sistem kontrol motor pada mesin CNC dan monitoring arus serta tegangan pada modul pembangkit plasma. Firmware Universal G-Code Sender digunakan sebagai kontrol pergerakan motor stepper, sementara modul pembangkit plasma menggunakan 20kV High Voltage Pressure Generator Igniter Step Up Boost yang diintegrasikan pada mesin CNC untuk mendukung scanning probe berbasis plasma. Sistem monitoring yang dibuat menggunakan sensor ZMCT103C untuk membaca arus dan rangkaian differensial amplifier untuk membaca tegangan secara real-time. Pengujian sistem kontrol pada motor stepper menggunakan jog controller pada Universal G-Code Sender mampu berjalan sesuai dengan perintah yang diberikan yaitu sejauh 1 mm per langkah untuk sumbu X dan Y. Hasil dari sistem monitoring dapat menampilkan arus dan tegangan secara real-time. Tegangan tertinggi sebelum terjadi lucutan plasma sebesar 3.069,9 V, tegangan terendah sebesar 2.013,6 V. Tegangan tertinggi ketika terjadi lucutan plasma sebesar 1.427,5 V, dan tegangan terendah 430,108 V.  Sedangkan arus terbesar ketika terjadi lucutan plasma sebesar 0,13 A, arus terendah sebesar 0,09 A. Ketika belum terjadi lucutan plasma arus terbaca nol.