Keju Tomme de Merapi merupakan keju lokal yang terinspirasi dari keju Perancis Tomme de Savoie. Kedua keju ini dibuat dengan cara yang sama, tetapi berbeda pada bahan utamanya. Tomme de Merapi menggunakan susu dari sapi yang memakan rumput yang tumbuh di tanah yang terpapar abu vulkanik dari Gunung Merapi. Informasi terkait profil komunitas bakteri pembentuk produk keju lokal ini belum pernah diteliti. Bakteri yang ada pada susu dalam pembuatan keju nantinya dapat mempengaruhi dinamika komunitas bakteri pada keju yang dibuat. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dinamika dan komposisi komunitas bakteri keju Tomme de Merapi selama pemeraman. Sampel keju Tomme de Merapi dengan masa pemeraman 0, 30, 60, dan 90 hari diperoleh dari PT Mazaraat Lokanatura Indonesia. Sebanyak 4 sampel potongan keju disimpan pada suhu beku -85oC sebelum dianalisis. Ekstraksi DNA bakteri keju menggunakan ZymoBIOMICSTM DNA Mini Kit, dan sampel DNA dikarakterisasi kualitas dan kuantitasnya sebelum dikirim untuk Next Generation Sequencing (NGS) di Macrogen, Inc., Singapura. Data mentah berupa format FASTQ yang diperoleh, dianalisis menggunakan QIIME2 ver 2023-7. Dinamika keanekaragaman bakteri pada keju dipengaruhi oleh lamanya proses pemeraman keju. Semakin lama proses pemeraman dilakukan, keanekaragaman bakteri pada keju semakin menurun karena adanya dominasi dari kelompok bakteri tertentu yang dibuktikan dengan hasil analisis diversitas tingkat alfa maupun beta. Genus bakteri dominan yang ditemukan pada hari ke-0 masa pemeraman sesuai dengan informasi starter MA4002 yaitu didominasi oleh Lactococcus dan Streptococcus yang bersifat thermostabil. Kedua genus ini mendominasi semua sampel keju (30-90 hari masa pemeraman), yang menunjukkan pentingnya bakteri tersebut sebagai kelompok bakteri pembuat keju. Kedua genus tersebut merupakan bakteri asam laktat yang menghasilkan antibakteri selama fermentasi keju yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri patogen, Staphylococcus, yang sebelumnya tercatat dalam 30-60 hari (13-18%) menurun dalam 90 hari (2%).