Tanaman anggrek diketahui merupakan anggota dari kelompok Orchidaceae. Orchidaceae memiliki biodiversitas yang sangat besar terlebih di Indonesia. Pada wilayah Kawasan Hutan Taman Nasional Gunung Merbabu, ditemukan dua jenis anggrek yang tumbuh yaitu epifit dan terestrial. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dan mengetahui komunitas bakteri di dalam akar anggrek menggunakan metode Next-Generation Sequencing dengan harapan dapat menjadi informasi awal untuk masalah mengenai unculturable bacteria pada akar anggrek di Indonesia dan mengetahui perbandingan komunitas bakteri endofit pada akar tumbuhan yang hidup di dua jenis habitat yang berbeda yakni terestrial dan epifit. Akar anggrek disampling dari Kawasan Hutan Taman Nasional Gunung Merbabu yang kemudian disterilisasi dengan alkohol 70% dan natrium hipoklorit. Akar dilakukan ekstraksi untuk mendapatkan DNA bakteri dan kemudian di SYBR Green qPCR. Setelah di real-time qPCR, hasil PCR ditambahkan dengan adaptor dan menjadi libraries. Libraries kemudian diproses untuk mendapatkan OTU sekuens bakteri. OTU analysis kemudian dijadikan pedoman untuk menganalisis keragaman bakteri endofit dalam akar anggrek sehingga profil keanekaragaman bakteri endofit dan potensinya dapat digali dengan lebih baik.