Penelitian ini bertujuan untuk (1) mengembangkan media pembelajaran, (2) mengetahui kelayakan  media pembelajaran, (3) mengetahui perbedaan kemampuan berpikir kritis siswa sebelum dan sesudah implementasi media pembelajaran menggunakan  kodular pada materi tranportasi antar membran yang memberdayakan kemampuan berpikir kritis. Jenis penelitian yang digunakan Research And Development (R&D) berdasarkan pada model 3D (Define, Design, dan Develop) yang dimodifikasi dari 4D. Instrumen penelitian yang digunakan adalah lembar validasi dengan teknik pengumpulan data menggunakan skala Likert  dan angket respon siswa. Subjek penelititan terdiri dari 35 siswa kelas XI SMA Negeri 6 Surakarta. Tahap validasi dilakukan oleh validator RPP, validator materi, dan validator media. Teknik analisis data dilakukan secara kualitatif dan kuantitatif. Hasil penelitian ini sebagai berikut : Pertama, media pembelajaran yang dikembangkan berupa e-modul yang dibuat dengan menggunakan aplikasi kodular pada materi transportasi antar membrane untuk memberdayakan berpikir kritis siswa SMA. Kedua, kelayakan media pembelajaran dilihat dari hasil penilaian validator RPP, materi dan media. Berikut hasil validasi kelayakan : 1) Hasil dari validasi RPP diperoleh presentase kelayakan RPP sebesar 90% sehingga dikategorikan sangat layak, 2) Hasil dari validasi materi diperoleh presentase kelayakan materi sebesar 76% sehingga dikategorikan layak, 3) Hasil dari validasi materi diperoleh presentase kelayakan media diperoleh presentase kelayakan media sebesar 84% sehingga dikategorikan sangat layak, 4) Hasil dari angket respon siswa diperoleh rata-rata sebesar 88% dengan kriteria sangat layak. Ketiga, perbedaan kemampuan berpikir kritis siswa sebelum dan sesudah menggunakan e-modul diukur melalui pre-test dan post-test. Hasil uji Wilcoxon menunjukkan rerata positif rank 18.00 dan negative rank 0.00, menandakan peningkatan berpikir kritis siswa setelah menggunakan e-modul. Dengan nilai signifikansi 0,000 < 0>