Penelitian ini bertujuan mengetahui variasi pola pita protein dan uji kandungan protein biji labu kuning. Metode yang digunakan untuk isolasi pola pita protein adalah metode SDS – PAGE(Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrylamide Gel Electrophoresis) dengan tegangan 100 V selama 1 jam, metode untuk analisis kandungan protein pada biji menggunakan metode Kjeldahl yang terdiri atas tahap destruksi, destilasi, dan titrasi. Penelitian ini menggunakan analisis kualitatif untuk melihat keragaman pola pita protein berdasarkan nilai Rf (nilai relatif) yang diperoleh dari perbandingan antara jarak migrasi protein terhadap migrasi loading dye. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semua biji labu memiliki perbedaan, komposisi protein yang ditunjukkan dari tebal tipisnya pola pita protein. Kandungan protein biji labu juga bervariasi, labu oval memiliki kandungan protein tertinggi yaiutu (43,82%), kandungan protein yang terkecil (29,31%) ditemukan pada labu botol.