Ikan wader merupakan ikan air tawar yang memiliki nilai ekonomis tinggi. Di Kabupaten Bantul, keberadaan ikan wader di lingkungan alaminya diperkirakan masih banyak. Untuk memenuhi permintaan pasar, saat ini ikan wader ditangkap langsung di habitat alaminya. Penangkapan ikan wader secara terus menerus di alam dapat mengakibatkan jumlah individunya semakin berkurang, sehingga mengganggu keadaan ekosistem dan kelestariannya terancam. Belum adanya informasi biologi tentang ikan wader di Kabupaten Bantul, menyebabkan proses budidaya terhambat, sehingga perlu dilakukan pengumpulan data dasar karakter morfologi ikan wader di Kabupaten Bantul.
Tujuan penelitian ini adalah untuk mengkaji keanekaragaman morfologi ikan wader (Famili Cyprinidae) di Kabupaten Bantul, D.I. Yogyakarta. Pengambilan sampel ikan wader dilakukan di 5 kecamatan, Kabupaten Bantul, D.I. Yogyakarta yaitu Kecamatan Bantul, Kecamatan Banguntapan, Kecamatan Piyungan, Kecamatan Pajangan, dan Kecamatan Srandakan. Ikan wader diambil paling sedikit 10 ekor dari masing-masing spesies yang ditemukan di 5 kecamatan. Analisis data menggunakan analisis morfometrik baku yang meliputi 22 karakter pengukuran. Analisis morfometrik dilakukan menggunakan Principal Component Analysis (PCA) dengan program pengolah stastistik R versi 3.1.1 dan Analisis hubungan kekerabatan dilakukan dengan program NTSYSpc Ver.2.02i.
Hasil penelitian menunjukkan di Kabupaten Bantul ditemukan 5 spesies ikan wader yaitu Mystacoleucus marginatus, Puntius binotatus, Rasbora argyrotaenia, Labiobarbus kuhlii, and Labiobarbus fasciatus. Karakter morfometrik yang paling membedakan di antara 5 jenis ikan wader yang ditemukan di Kabupaten Bantul, D.I. Yogyakarta yaitu panjang rahang atas, panjang dasar sirip anal, lebar badan bagian belakang, panjang depan mata, panjang dasar sirip dorsal, dan panjang belakang sirip anal. M. marginatus memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan L. kuhli dan L. fasciatus, sedangkan P. binotatus memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan R. argyrotaenia.
Kata kunci: ikan wader (Cyprinidae), Bantul, morfometrik