Indonesia merupakan wilayah yang memiliki beranekaragam jenis ikan air tawar. Ikan wader merupakan nama lokal sekelompok ikan yang terdiri dari beberapa jenis ikan yang memiliki nilai ekonomi tinggi. Masih kurangnya informasi tentang ikan wader di Kabupaten Bantul, sehingga perlu dilakukan pengumpulan data tentang keanekaragaman genetik ikan wader di Kabupaten Bantul. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman genetik ikan wader di wilayah Kabupaten Bantul menggunakan Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP).
Pengambilan sampel ikan wader dilakukan pada 5 kecamatan di Kabupaten Bantul, D.I. Yogyakarta yaitu Bantul, Banguntapan, Piyungan, Pajangan dan Srandakan. Ikan wader diambil 5 ekor dari masing-masing kecamatan. DNA ikan diambil dari seluruh dagingnya, ekstraksi DNA menggunakan Genomic DNA Mini Kit (Tissue) (Genaid), Polymerase Chain Reaction dengan gen target cytochrome c oxydase subunit I (COI), Restriction Fragment Length Polimorphism menggunakan unit enzim restriksi AluI, Mspl (Hpall) dan RsaI. Selanjutnya gen yang teramplifikasi disekuen dan dianalisis secara bioinformatika untuk mengetahui keanekaragaman genetik ikan wader yang teridentifikasi.
Berdasar hasil pemotongan oleh enzim restriksi ditemukan 4 tipe sampel yang berbeda. Hasil analisis sekuen gen COI masing-masing memiliki kemiripan dengan Barbonymus schwanenfeldii voucher MNHN 2012-0084, Puntius binotatus voucher BiMS6, Mystacoleucus marginatus voucher CBM ZF-11404, dan Labiobarbus sp. CTOL3977.
Kata kunci: ikan wader, Kabupaten Bantul, PCR, RFLP, keanekaragaman genetik