ABSTRAK

Salah satu upaya untuk mencegah terjadinya kecurangan pedagang daging serta melindungi konsumen dari ketidakakuratan pelabelan pada produk pangan asal daging adalah melalui metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Keberhasilan metode ini salah satunya ditentukan oleh idealnya primer yang didesain. Primer berfungsi untuk membatasi daerah spesifik yang akan diamplifikasi melalui teknik PCR. Amplifikasi dapat terjadi pada fragmen DNA apabila terdapat primer,  yaitu molekul  oligonukleotida pendek  yang berfungsi menyediakan ujung 3'-OH yang akan digunakan untuk menempelkan molekul DNA (nukleotida) pertama pada untaian DNA baru dalam proses polimerisasi. Polymerase Chain Reaction (PCR) dipilih sebagai metode deteksi karena menawarkan tingkat deteksi spesies yang presisi, bahkan pada produk olahan asal daging yang telah melewati tahap pemasakan.
Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer spesifik untuk mengamplifikasi daerah target gen ND2 mtDNA pada spesies babi dan sapi serta deteksi   kontaminasi   pada   daging   menggunakan   metode   PCR.   Prosedur penyusunan primer meliputi 4 tahap, yaitu penelusuran data sekuen di database NCBI, analisis daerah lestari  gen ND2 melalui  alignment analysis, pemilihan kandidat primer pada PRIMER3 serta pengujian in vitro melalui PCR.
Hasil penelitian memperoleh satu universal forward primer untuk spesies babi     dan     sapi     yang     memiliki     panjang     19     bp     dengan     urutan 5’-CCAAACACAACTCCGAAAA-3’ serta reverse primer untuk babi dan sapi yang masing-masing memiliki panjang 20 dan 21 dengan urutan sekuen 5’- CCAAACACAACTCCGAAAA-3’  dan  5’-TGGCAAGAATTAGGACGGTTA- 3’ dengan product size PCR untuk spesies babi adalah 168 bp dan untuk spesies sapi 227 bp.
Pengujian primer dilakukan pada reaksi simplex dan duplex PCR pada sample daging olahan yang diperoleh dari pasar terdekat Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa gen ND2 dapat digunakan untuk mendeteksi kontaminasi pada produk pangan asal daging.

Kata kunci : Desain primer, ND2 mtDNA, Deteksi spesies, PCR.