Gajah sumatera (Elephas maximus sumatranus) merupakan satwa terancam punah yang disebabkan karena perburuan ilegal dengan tujuan memperoleh gading gajah. Gading tersebut diperjualbelikan dalam bentuk lain, sehingga untuk menentukan identitasnya perlu dilakukan analisis forensik berupa identifikasi DNA dengan menggunakan gen CO1 (Cytochrome Oxidase-1). Penggunaan gen CO1 memiliki kelebihan tidak mudah mengalami fragmentasi, sehingga cocok digunakan dengan kondisi sampel yang ditemukan telah diolah menjadi bentuk lain. Pada proses identifikasi DNA membutuhkan primer yang spesifik untuk mengamplifikasi target gen CO1 yang diinginkan. Penelitian ini memiliki tujuan desain primer dan optimalisasi primer yang dapat digunakan untuk mengamplifikasi gen CO1 gajah sumatera dengan real time PCR.

Sampel yang digunakan dalam penelitian ini berupa darah, feses, dan urin gajah sumatera dari Taman Satwa Taru Jurug, Surakarta dan Taman Margasatwa Ragunan, Jakarta. Ekstraksi DNA menggunakan TIANamp Genomic DNA Kit dan TIANamp Stool DNA Kit mengikuti protokol yang disediakan. Kuantifikasi DNA dilakukan dengan NanoVue Plus Spektrofotometri. Proses deteksi cepat pada penelitian ini dilakukan dengan real time PCR menggunakan metode Quantitation-Standard Curve yang akan mendeteksi gen CO1 gajah sumatera berdasarkan nilai Ct dan grafik melt curve pada daerah tertentu dengan primer yang didesain menggunakan Primer3Plus dan IDT. Primer spesifik yang diperoleh pada penelitian ini yaitu primer B yang diamplifikasi dengan real time PCR. Hasil real time PCR primer B spesifik ditunjukkan dengan peak melt curve tunggal pada suhu 79°C dan nilai Ct yang spesifik.