Pemodelan terapi proton menggunakan kolimator pencil beam active scanning dilakukan untuk pengobatan kanker otak Glioblastoma menggunakan software MCNP6. Simulasi terapi proton dilakukan pada phantom bagian kepala dan leher dengan menambahkan geometri kanker berbentuk kubik dengan ukuran rusuk 1,2 cm yang terdiri atas 27 kubikel kecil dengan ukuran rusuk 0,4 cm. Berkas proton dengan energi 105,108 dan 111 MeV dan diameter berkas 0,05 cm diarahkan ke masing-masing pusat 27 kubikel kubus. Hasil simulasi berupa distribusi dosis serap di semua kubikel dan sel sehat di sekitarnya serta dipresentasikan dalam kontur isodosis 3 dimensi tampang lintang sel kanker. Distribusi dosis pada sel kanker berhasil mencapai nilai yang isodosis dengan nilai 22,461 MeV/g ± 8,929%. Sel sehat yang menerima dosis terbesar ada pada bagian otak dengan perbandingan 0,143% relatif terhadap dosis total yang diterima sel kanker. Dapat disimpulkan bahwa terapi proton efektif digunakan dalam pengobatan kanker Glioblastoma.