Malaria merupakan masalah kesehatan di masyarakat yang masih cukup tinggi terutama di negara-negara beriklim tropis. Pada tahun 2018, tercatat sekitar 228 juta kasus yang tercatat di seluruh dunia. Indonesia merupakan salah satu negara dengan iklim tropis sehingga penyakit malaria berkembang dengan pesat, terlebih khusus daerah-daerah pada Indonesia bagian Timur. Manokwari adalah salah satu Kabupaten di Provinsi Papua Barat yang memiliki pasien malaria cukup banyak. Kabupaten Manokwari memiliki kasus malaria terbanyak pada tahun 2018 dengan total kasus terkonfirmasi sebanyak 4.284 jiwa. Beberapa faktor mempengaruhi penyebaran malaria dibeberapa daerah adalah adalah faktor geografis, lokasi dan variabel meteorologi. Karena memiliki angka penderita yang cukup tinggi di Kabupaten Manokwari, maka diperlukan pengelompokan sebaran penyakit malaria agar bisa mengetahui daerah yang memiliki tingkat pengelompokan daerah endemik di Kabupaten Manokwari. Salah satu metode yang dapat digunakan dalam pengelompokan adalah Clustering dan menerapkan algoritma K-Means. Penggunaan K-Means ini bertujuan untuk mengelompokan daerah dengan kejadian malaria pada tahun 2018-2020 berdasarkan cluster yang sama. Dari hasil percobaan Clustering K-Means kami mendapatkan C1 = 11, C2 = 14 dan C3 = 17 untuk daerah penyebaran malaria, serta menerapkan evaluasi Clustering menggunakan Davies bouldin index (DBI) dengan hasil sebesar = 0, 77.