Penelitian ini dilatarbelakangi oleh rendahnya Keterampilan Proses Sains(KPS) dan kemampuan berpikir kritis siswa yang atau belum tercapai dikarenakan media pembelajaran yang digunakan oleh guru kurang interaktif serta proses pembelajaran yang masih bersifat teacher center. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keterampilan proses sains dan kemampuan berpikir kritis siswa menggunakan pembelajaran berbasis website pada materi sistem peredaran darah kelas XI. Bentuk penelitian yang digunakan adalah penelitian kuantitatif metode quasi experiment dengan Pretest-Postest Group Design. Sampel penelitian ini adalah siswa dari tiga kelas XI MIPA dengan menggunakan teknik Cluster Random Sampling. Instrumen dalam penelitian ini menggunakan instrumen tes keterampilan proses sains dan kemampuan berpikir kritis berupa soal pilihan ganda dan essay yang telahdilakukan uji validitas, reliabilitas, tingkat kesukaran, dan daya pembeda. Hasil uji prasyarat data keterampilan proses sains dan kemampuan berpikir kritis adalah terdistribusi normal dan homogen. Hasil uji ANCOVA menunjukkan terdapat pengaruh penggunaan website bioenial sebesar 15,7% yang berarti Website Bioenialmemiliki pengaruh yang besar terhadap keterampilan proses sains siswa dan 11,4%yang berarti website bioenial memiliki pengaruh yang sedang terhadap kemampuan berpikir kritis siswa.Kata Kunci : Keterampilan Proses Sains, Berpikir Kritis, website bioenial, Sistem Sirkulasi