Penelitian ini bertujuan untuk: (1) mengembangkan e-modul flipbook berbasis Project-Based Learning (PjBL) terintegrasi STEM Education, (2) menganalisis kelayakan produk, dan (3) menguji keefektifannya dalam meningkatkan keterampilan proses sains dan hasil belajar IPA siswa kelas VIII SMP Negeri 7 Wonogiri. Penelitian menggunakan metode Research and Development (R&D) dengan model ADDIE yang meliputi tahap analisis, desain, pengembangan, implementasi, dan evaluasi. Produk yang dikembangkan berupa e-modul flipbook interaktif pada materi getaran dan gelombang yang dirancang menggunakan Canva, dikonversi melalui Heyzine, serta diintegrasikan dengan simulasi PhET dan evaluasi berbasis Wayground untuk mendukung pembelajaran berbasis proyek yang selaras dengan pendekatan STEM. Kelayakan produk dinilai oleh ahli media, ahli materi, dan ahli bahasa dengan kategori sangat layak. Uji keefektifan menggunakan desain one-group pretest–posttest terhadap 32 siswa kelas VIII. Data dikumpulkan melalui tes hasil belajar, lembar observasi keterampilan proses sains, dan angket respons siswa. Analisis data dilakukan secara deskriptif dan inferensial menggunakan uji paired sample t-test. Hasil penelitian menunjukkan terdapat peningkatan yang signifikan pada keterampilan proses sains dan hasil belajar IPA siswa setelah penggunaan e-modul, dengan nilai signifikansi 0,000 (p < 0,05). Seluruh siswa mencapai nilai di atas KKTP pada posttest. Berdasarkan hasil tersebut, e-modul flipbook berbasis PjBL–STEM Education dinyatakan valid, layak, dan efektif sebagai bahan ajar inovatif dalam meningkatkan keterampilan proses sains dan hasil belajar IPA serta mendukung implementasi Kurikulum Merdeka di jenjang SMP.