Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan dampak model Problem Based Learning dan Problem Based Learning dengan structured scaffolding terhadap keterampilan berpikir kritis siswa pada materi sistem ekskresi. Penelitian menggunakan pendekatan kuantitatif dengan desain quasi experiment berupa pretest-posttest non-equivalent control group design. Populasi penelitian meliputi seluruh siswa kelas XI IPA SMA Negeri 7 Surakarta Tahun Ajaran 2025/2026 yang berjumlah 179 siswa. Sampel penelitian ditentukan menggunakan teknik cluster random sampling, sehingga diperoleh kelas XI-D sebagai kelas eksperimen dan kelas XI-A sebagai kelas kontrol. Data dikumpulkan melalui tes, observasi, dan dokumentasi, kemudian dianalisis menggunakan uji N-gain, paired samples t-test, dan independent samples t-test. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai signifikansi uji independent samples t-test pada data posttest sebesar 0,001 (<0,05), yang menunjukkan adanya perbedaan keterampilan berpikir kritis yang signifikan antara siswa pada kelas eksperimen dan kelas kontrol. Selain itu, hasil analisis N-gain menunjukkan bahwa peningkatan keterampilan berpikir kritis siswa pada kelas eksperimen lebih tinggi dibandingkan kelas kontrol. Dengan demikian, Problem Based Learning dengan structured scaffolding memberikan dampak yang lebih baik terhadap keterampilan berpikir kritis siswa dibandingkan Problem Based Learning pada materi sistem ekskresi.