Sistem informasi penggajian merupakan sebuah sistem yang dirancang untuk mengelola proses penggajian pegawai. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sistem informasi penggajian pada BPS Kota Madiun berbasis aplikasi mencakup prosedur penggajian pegawai apakah sudah berjalan dengan baik atau masih terdapat suatu kendala. Metode penelitian yang dilakukan pada penelitian ini ialah kualitatif. Data yang digunakan dalam proses penelitian ini merupakan data hasil wawancara, observasi, dan dokumentasi. Penelitian ini dilakukan dengan cara membandingkan sistem informasi penggajian manual dengan sistem informasi penggajian otomatis pada aplikasi. Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan, pada sistem penggajian aplikasi petugas penggajian melakukan proses penginputan data secara berulang dalam ekspor data pada aplikasi GPP dan SAKTI. Akan tetapi secara keseluruhan dalam proses penggajian pada pegawai BPS Kota Madiun telah berjalan dengan baik. Oleh karena itu, penulis memberikan rekomendasi pada kedua aplikasi GPP dan SAKTI agar diintegrasikan supaya proses dokumen penggajian lebih efisien dan pihak BPS Kota Madiun dapat mempertahankan sistem informasi penggajian yang telah berjalan dengan baik sesuai prosedur.